在操作HPLC時(shí)，色譜柱是在室溫環(huán)境下工作的。大多數(shù)的工作環(huán)境溫度是不斷變化的，溫度的差別就會(huì)引起較復(fù)雜的問題。溫度的影響在所有的色譜分析方式中都是存在的，HPLC方法中的洗脫方式受溫度的影響。

　　等度洗脫時(shí)溫度會(huì)影響保留時(shí)間，當(dāng)溫度升高時(shí)所有的色譜峰都前移了，等度洗脫時(shí)一般溫度每升高1℃，保留時(shí)間會(huì)縮短（1~3）%。溫度變化對梯度洗脫和等度洗脫的影響趨勢是一樣的。溫度變化對梯度洗脫的影響要小于對等度洗脫的影響。即便如此，若梯度洗脫時(shí)不控制溫度的話，保留值一般也會(huì)有較大的變化。溫度變化還可能引起選擇性顯著變化。

　　正如柱子不能完全平衡將導(dǎo)致保留時(shí)間的重現(xiàn)性差一樣，柱溫不平衡也會(huì)導(dǎo)致不理想的后果，這個(gè)問題在峰寬上的影響尤其明顯。當(dāng)溫度變化時(shí)除了選擇性和保留時(shí)間的變化之外，峰寬也會(huì)發(fā)生變化。升高溫度通常會(huì)使理論塔板數(shù)升高，峰寬變窄，由于峰面積不變，峰越窄就會(huì)越高，因此升高溫度可以達(dá)到更小的檢測限。

　　柱子里的溫度變化也會(huì)影響峰形。當(dāng)流動(dòng)相和柱子之間的溫差增大時(shí)，由溫度不平衡而導(dǎo)致的峰變形就會(huì)加劇。

　　為了獲得一致的結(jié)果我們必須要控制柱溫，使用柱溫箱是最好的辦法。如果沒有柱溫箱，最有效的辦法就是將色譜柱隔絕在一個(gè)溫度波動(dòng)最小的地方